Calvary Chapelin juuret ovat Kalifornian Costa Mesassa. Pastori Chuck Smith perusti tämän kirkkokuntiin sitoutumattoman kristillisen seurakunnan vuonna 1965. Calvary Chapel oli vuoden 1969 aikana Kaliforniassa tapahtuneen laajamittaisen herätyksen keskiössä. Tämä herätys opittiin myöhemmin tuntemaan nimellä Jeesus-liike. Alun perin vain 25 hengen paikallisseurakunta alkoi kasvaa nopeasti: on arvioitu, että 70-luvun puolivälissä Calvary Chapel Costa Mesassa suoritettiin kahden vuoden aikana yli 8 000 kastetta. Saman ajanjakson aikana pastori Chuck Smithin ja hänen seurakuntansa työn seurauksena 20 000 henkilöä oli tullut uskoon.

Calvary Chapelin painopiste oli Jumalan sanan selkeä opetus. Tämä johti raamattuopiston perustamiseen Kalifornian Murrietaan vuonna 1975. Nykyään koululla on yli 50 kumppanikampusta ympäri maailmaa. Raamattukoulujen lisäksi Calvary Chapel on seurakuntana levittäytynyt maailmanlaajuisesti. Seurakuntien yhteenlaskettu lukumäärä on yli 1700 ja ne sijoittuvat ympäri maailmaa. Suomessa seurakuntia on kaksi: Turussa ja Helsingissä.